商標糾紛的抗辯事由，一般分為兩類，即訴訟程序理由抗辯和訴訟實體理由抗辯。

訴訟程序理由抗辯，一般為訴訟主體資格抗辯、訴訟管轄抗辯和訴訟時效抗辯。

訴訟實體理由抗辯一般為商標權無效抗辯和未侵權抗辯。

1、主體資格抗辯

訴訟主體資格抗辯，即商標糾紛訴訟的當事人一方，就其對方是否具備原告、被告、共同訴訟人及第三人的資格提出抗辯理由，從訴訟程序入手，爭取訴訟中的主動權。

2、案件管轄抗辯

案件管轄抗辯，即商標糾紛的當事人一方，對案件受理的級別管轄、地域管轄提出抗辯理由。

3、時效抗辯

時效抗辯，即商標糾紛的當事人一方，就其案件是否超過訴訟時效，是否超過注冊商標爭議期限和商標異議期限，提出抗辯理由。

4、商標權無效抗辯

根據《商標法》第四十一條的規定，在法定的期限內，他人可以對違反法律規定的注冊商標提出撤銷申請。同樣，在商標侵權訴訟中，被控侵權人有權對他人的商標權提出無效抗辯，不僅包括對注冊取得商標權的商標注冊無效提出抗辯，而且還可以對注冊或未注冊的商標是否有馳名商標權進行抗辯。抗辯成功，商標注冊被撤銷或馳名商標不成立，則侵權行為不成立。抗辯不成功，注冊商標的商標權及馳名商標的權利將繼續有效，商標侵權才有可能成立。